就在米剌印、丁国栋领导的回民军起义之初，甘肃巡抚王世功就上疏清廷调派大军援甘。清廷特派固山贝子吞齐为平西大将军，同固山额真、爱新觉罗氏宗亲韩岱率军进援甘肃。陕西三边总督孟乔芳却认为，陕甘现有兵力足以对付反叛回军，遂上疏劝止曰：

“西安、凤（翔）、汉（中）、临（洮）、巩（昌）一带，向以节次供应大兵及輓运征川粮草，民力已竭。若大兵复临，诚为万分难支；至河西地方率多沙碛不毛，数百里之间仅有些小营堡，被回（匪）残破，庐舍已空，有土无人，谁为供应？如各路大军齐至，驰驱数千里，不独累民费帑，亦且劳师......伏祈皇上圣裁，停其续发大军”。《甘州府志》

简约理解，就是甘肃地瘠民贫，又饱受战火蹂躏，养不起那么多入援大军。孟乔芳自以为仅凭陕甘驻军就有把握镇压米剌印、丁国栋反叛回军，又以劳师远征、累民糜饷为借口婉拒朝廷援军入甘， 清廷也就停派大军进援 ，孟乔芳便可独占大功了。

解巩昌之围后，孟乔芳便指挥陕甘清军兵分三路发起进攻，约期会师于兰州。一路由副将马宁率领往攻内官营（在今甘肃定西境内），此为上路军 ；一路由游击张勇率领，直扑临洮，于马韩山大破回民军，此为中路军；一路由副将赵光瑞率领，先后攻击岷、洮二州，于梅岭击溃回军偏师，生擒回军将领丁光射，这是下路军。

赵光瑞率军复夺岷、洮二州后，又进至内官营，同马宁部联手大败回民军，俘斩无数。各路清军遂向兰州进发，旋即会师于兰州城下。游击张勇又在马家坪（永登东南20里处）挫败回军，俘斩米剌印扶植的延长王朱识锛。

1648年7月，清户部侍郎额赛和提督傅夸蟾也率八旗兵前来会攻，经一番激战，于7月30日攻占兰州。

回民起义军连遭挫败，弃城后分批渡过黄河，随后焚毁黄河浮桥，清军紧追不舍。回军主力退往靖远以北约20里处一个叫水泉的地方。水泉东可入宁夏，西可退守河西。清军寻踪追至，与回军展开激战，混战中，米剌印不幸阵亡 。据甘肃巡抚王世功奏报称：

“（游击张三耀、蒋国泰）执米剌印首级来献” 。

米剌印是顺治年间甘肃回军起义的发动者和领导者，是一位有胆有识有谋略的军事将领，在甘肃回民中颇有威望，他的死是回民起义军的重大损失。

清军攻克临洮后，当地回众并未屈服。6月下旬，有位绰号叫“ 闯塌天（不是明末陕北流寇首领、闯塌天刘国能）”的回首率数百人再次发难，斩杀守城官吏，占领临洮府城。清军围攻两个多月，起义首领之一王道宏被击杀。闯塌天在极度不利的情形下“收抚” ，于当年8月间潜入山中，聚众再起。清军参将曹希东派细作侦查——

“得其实，于夜间偃旗息鼓，遂获之，枭其首”。《甘州志》

米剌印被杀后，丁国栋率义军残部退守甘州，据城固守。清军将甘州团团包围长达一个月，久攻不克，孟乔芳调兵遣将，昼夜展开进攻，却损兵折将，费尽心机，仍攻不下来，也没有太好的办法。孟乔芳见回军顽强抵抗，强攻不是办法，于是想出一招，派汉中总兵南一魁入城招降 。丁国栋等人同意“招抚”，却拒绝缴出军械，事情遂又陷入僵持......